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El germen de la colección es la del General Carlos Daniel de Meuron, creada en 1795 y ampliada a partir de 1835 por Louis Coulon y Louis Agassiz. Tras un largo periodo de inactividad científica, debida principalmente a la falta de espacio, el traslado de algunas colecciones a otros centros o ausencia de conservadores, esta volvió a resurgir a partir de 1960, cuando se hizo cargo del museo Archibald Barrio. En 1979, las instalaciones se trasladaron a su actual emplazamiento, la antigua Escuela de Negocios, totalmente rehabilitada para acoger las colecciones. Los trabajos, efectuados en tres etapas, finalizaron en el año 2000.
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La exhibición de minerales en la pequeña sala de Geología es más bien escasa. En una vitrina retro-iluminada, que impide una correcta visión de los ejemplares, se exponen una veintena de ejemplares mundiales, entre los que se encuentra una pirita de Navajún. Los otros dos minerales españoles mostrados al público en vitrinas auxiliares son una dolomita de Eugui y otra pirita riojana.
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Entre los fondos del museo se conservan 24 piezas españolas: Dolomita (2, de Eugui); Aragonito (3, todos de Minglanilla); Yeso (1, de Zaragoza); Pirita (6, de Navajún y Huelva); Cuarzo (1, sin localidad); Mercurio (1, de Almadén); Halita (1, sin localidad); Esfalerita (3, de Picos de Europa); Fluorita (3, de La Collada y Berbes) y Cinabrio (2 de Almadén y 1 de Chóvar), aunque solamente se muestran al visitante tres: dos piritas de Navajún y una dolomita de Eugui. Casi todas proceden de las colecciones formadas en los años 70, donadas al museo por H. Piguet y G. Maletto.
