Situado en la Rua da Escola Politécnica nº 56/58 de la capital portuguesa, es el museo de naturaleza más relevante del país. Posee amplias colecciones de zoología, antropología, botánica, geología y mineralogía, y en sus instalaciones suelen celebrarse exposiciones temáticas, reuniones científicas, talleres y cursos.
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Sus orígenes se encuentran en el Real Gabinete de Historia Natural y Jardín Botánico, creado en la segunda mitad del siglo XVIII en Ajuda, una freguesía del Concejo de Lisboa. Posteriormente sería alojado por un corto espacio de tiempo en la Real Academia de Ciencias. En 1858 se trasladaría definitivamente a la Escuela Politécnica, bajo la denominación de Museo Nacional de Lisboa (1861) y la administración de dicha Escuela. El Jardín Botánico anexo se inauguraría en 1878. En 1911, al crearse la Universidad de Lisboa, quedó anexionado a la Facultad de Ciencias. En marzo de 1978, un voraz incendio destruyó gran parte del edificio de la Escuela Politécnica, desapareciendo gran parte de las colecciones de zoología y geología, lo que obligaría a la Facultad de Ciencias a trasladarse a su actual emplazamiento, en Campo grande.
En 1985 se creó el Museo de Ciencias de la Universidad de Lisboa, compartiendo edificio con el Museo Nacional de Historia Natural. En el año 2003, ambos museos se fusionaron convirtiéndose en autónomos respecto a la Facultad de Ciencias, aunque su administración seguiría dependiendo del rectorado de la Universidad de Lisboa. En octubre de 2011 adoptaría una nueva denominación con las siglas MUHNAC (Museo Nacional de Historia Natural y Ciencias), integrando sus colecciones, el Jardín Botánico, los edificios históricos y, desde 2012, el Observatorio Astronómico de Lisboa.
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Entre sus colecciones mineralógicas más destacadas se encuentra la dedicada a la mina de Panasqueira, junto a una buena representación de diversos minerales portugueses. La presencia española es más bien escasa en la exposición permanente, ya que únicamente encontramos algún ejemplar de esfalerita de Áliva, una celestina de Jaén y una dolomita de Eugui.